NGO-sy w różnych sytuacjach płacą podatki. Dotyczy ich podatek dochodowy od osób prawnych, ale też – jeśli zatrudniają pracowników lub współpracowników na umowy-zlecenia – odprowadzają za nich podatki.
Podatek przekazywany jest na konto urzędu skarbowego. Od nowego roku stare konta wygasają i organizacje muszą uzyskać swój indywidualny rachunek do odprowadzania należności.